มีสองด้านที่ต้องพิจารณา: ผลไม้ที่เก็บไว้นานและเศษผลไม้ แมลงวันผลไม้สามารถโผล่ออกมาจากผลไม้ที่เก็บไว้นานได้หากตัวเต็มวัยวางไข่บนผิวผลไม้ ซึ่งจะฟักเป็นตัวอ่อนและพัฒนาเป็นตัวเต็มวัยเมื่อเวลาผ่านไป เศษผลไม้ยังสามารถดึงดูดแมลงวันผลไม้ได้หากมียีสต์ ซึ่งพวกมันสัมผัสได้จากระยะไกล นอกจากนี้ แมลงวันผลไม้ยังสามารถเข้าไปในบ้านได้อย่างง่ายดายผ่านทางรูเล็กๆ บนมุ้งลวด ในการควบคุมแมลงวันผลไม้ กับดักแบบใช้เหยื่อและกระดานเหนียวได้ผลดี
